TopFIND 4.0

F4I096: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13

General Information

Protein names
- Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
- Protein GRAND CENTRAL
- Protein MACCHI-BOU 2
Gene names MED13
Organism Arabidopsis thaliana
Protease Family
Protease ID
Chromosome location
UniProt ID F4I096

1

N-termini

1

C-termini

0

Cleavages

0

Substrates

Sequence

        10         20         30         40         50         60 
MWTNVFRIGG LHNVSWFQFL PSETELNPGF DRSSRAEQNE VATYLVLSSH LRLQKEGFLT 
        70         80         90        100        110        120 
TWTNSFVGPW DPSQGLYNPD EKIKLWLFLP GRHSSISDKA QAAVSKLRVV ASGIWVAPGD 
       130        140        150        160        170        180 
SEEISVAFSQ SLRNCIERAL SGISYMRFGD VFSKFSPQSE EYLRRGQPTV EFIFAATEEA 
       190        200        210        220        230        240 
VFVHVIISAK NVRTLSSGDA ERMLRSSLKN SSYRLPAFRK CLGLAKSEDN RLCYINTSHR 
       250        260        270        280        290        300 
PMLFPPVIVS PHGMRGSLTG FCPNDLVKQV YFSSGNLKTS TGYVGLPSHI GRGSRLINGN 
       310        320        330        340        350        360 
HCYVEVTLGC CQNRNDNTSQ ANSTFAVNLP HNQCPEPSVG SKDHRKGQSD LSSVCEKKFI 
       370        380        390        400        410        420 
YPAEAVLVPI LQSAFAKFSL KRAGDFDCLG ASENKSDGFY EKNGYNSSGS SRNSSISSTS 
       430        440        450        460        470        480 
SASSGSGWRM TSRTGDLDAD ADSLTCRQSG LTCNDDRLKM GSKRPRTGMA ESFGQVGIEN 
       490        500        510        520        530        540 
DQIGWDWDAD DDDDDREVGM DIKALLSEFG DFGDFFENDA LPFGEPPGTA ESHVLVFPPD 
       550        560        570        580        590        600 
SADVGSSPVD MMDVSDQIVL PVGFSSFESF NPVPPIIDEC LIKSQEVLHS SITSVPSNQM 
       610        620        630        640        650        660 
SISSTGEFDH LLKAEAMMTF APEYGAVEAP MSEISSTFFK SPYLPKSHKV ESSNSRTSNY 
       670        680        690        700        710        720 
VYGATPPTTD SDGAGDMILF GSKSCIGNNA GRTLYHSREH YTQVEGRKGR HDKLPTVISD 
       730        740        750        760        770        780 
NSSTKEGVSQ SIHSKHSAAN AVKVVQGKKT DGISAVVSTL LSSKTLLATD VGSVMFQAFM 
       790        800        810        820        830        840 
CRMRHIITSS KHSSPVSLTR LSGNFFLNQL SNEPSTLTDN ISARNEIYKK DIPTRIAGDF 
       850        860        870        880        890        900 
DGGMLDSHMS APVGVWRTVS VPKTAKPASS PNIEAGSSLP HSSFSEDSLL SYGQRQPLQD 
       910        920        930        940        950        960 
LLDGIALLVQ QATSFVDLAL DSDCGDGPYG WLALEELWRR ELSCGPSAGH AGCGGTLASC 
       970        980        990       1000       1010       1020 
HSLDIAGVKL VDPLSAEVFP SSVITLLQSD IKTALKSAFG QSDGPLSVTD WCKGRNQSGD 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
GGSISEGFTA ESALSEVNGV NISDDFIIDK YFGKQAVSNA IDGGKGDETA QSQDIYSSEL 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
LRPTLFVLPS PAILVGYQDD WLKISTNSLT HWEKAPFEPY ALPKSINYAV VCPDIDPLTC 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
AATDFFQQLG TGESTSLSFV KEVMLKHDRN WLGTHLPQSL GNQMEKDVGR LSSSGFVLLD 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
CPQSMKIESN NTSLLGSLSD YFLSLSNGWN VNSYLKSLSK ALKGLKLGSG LYTNQKEGSG 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
SPCVVVYIVC PFPDPSAVLR TIVESSIALG SVIQSDRDRR SILNSQVARA FSSSTAVDEA 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
SISHIPVLSG FSVPKLVLQV VSVDSIFRIT SPSFNELVIL KDTAFSVYNK ARRISRGMPN 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
DAFFSSSLPS RSSSALTPMN SISGIWKDCG GSRMTGSTHP RDGEIDVSLR TSGWDTSTSW 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
QIPRSGGLSC DPNRNGDFYL NDEIFYLFEP LFILSEPGSV ERGVSPTFTS LGSESSKPIP 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
EDGGRGSGPG MNSMEGITSG SSSQGDVSQL EGKAIPSLHC CYGWTEDWRW LVSIWTDARV 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
LQQGCQILQA CSSPDNGSFK PRDFVITRIG NFFELEYQEW QKAIYSAGGP EIKKWPIQLR 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
RSAPSGIATN SNGSSLQQQD LSLIQERASS TSTLYSSHSK QSTFVKGSMG QSAGRKQIMG 
      1690       1700       1710       1720       1730       1740 
GQTISGTPRG LFQWVHSISF ASISLDHSLH FVLPAELVSA GGGQSSTGMS SVNYIEGFTP 
      1750       1760       1770       1780       1790       1800 
VKSLGSTAFS YMMIPSPNMR FLHPSPLQLP TCLTAESPPL AHLLHSKGYA IPLSTGFVVS 
      1810       1820       1830       1840       1850       1860 
KAVPSMRKDS RINVKEEWPS VLSVSLIDYY GGYDNAHDKI LQGIVKQGGG TKETRDFEVE 
      1870       1880       1890       1900       1910       1920 
SHLILESIAA ELHALSWMTV SPAYLDRRTA LPFHCDMVLR LRRLLHFADK EVSRIPDKTG 
   
V

Isoforms

- Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13

Sequence View

        10         20         30         40         50         60 
MWTNVFRIGG LHNVSWFQFL PSETELNPGF DRSSRAEQNE VATYLVLSSH LRLQKEGFLT 
        70         80         90        100        110        120 
TWTNSFVGPW DPSQGLYNPD EKIKLWLFLP GRHSSISDKA QAAVSKLRVV ASGIWVAPGD 
       130        140        150        160        170        180 
SEEISVAFSQ SLRNCIERAL SGISYMRFGD VFSKFSPQSE EYLRRGQPTV EFIFAATEEA 
       190        200        210        220        230        240 
VFVHVIISAK NVRTLSSGDA ERMLRSSLKN SSYRLPAFRK CLGLAKSEDN RLCYINTSHR 
       250        260        270        280        290        300 
PMLFPPVIVS PHGMRGSLTG FCPNDLVKQV YFSSGNLKTS TGYVGLPSHI GRGSRLINGN 
       310        320        330        340        350        360 
HCYVEVTLGC CQNRNDNTSQ ANSTFAVNLP HNQCPEPSVG SKDHRKGQSD LSSVCEKKFI 
       370        380        390        400        410        420 
YPAEAVLVPI LQSAFAKFSL KRAGDFDCLG ASENKSDGFY EKNGYNSSGS SRNSSISSTS 
       430        440        450        460        470        480 
SASSGSGWRM TSRTGDLDAD ADSLTCRQSG LTCNDDRLKM GSKRPRTGMA ESFGQVGIEN 
       490        500        510        520        530        540 
DQIGWDWDAD DDDDDREVGM DIKALLSEFG DFGDFFENDA LPFGEPPGTA ESHVLVFPPD 
       550        560        570        580        590        600 
SADVGSSPVD MMDVSDQIVL PVGFSSFESF NPVPPIIDEC LIKSQEVLHS SITSVPSNQM 
       610        620        630        640        650        660 
SISSTGEFDH LLKAEAMMTF APEYGAVEAP MSEISSTFFK SPYLPKSHKV ESSNSRTSNY 
       670        680        690        700        710        720 
VYGATPPTTD SDGAGDMILF GSKSCIGNNA GRTLYHSREH YTQVEGRKGR HDKLPTVISD 
       730        740        750        760        770        780 
NSSTKEGVSQ SIHSKHSAAN AVKVVQGKKT DGISAVVSTL LSSKTLLATD VGSVMFQAFM 
       790        800        810        820        830        840 
CRMRHIITSS KHSSPVSLTR LSGNFFLNQL SNEPSTLTDN ISARNEIYKK DIPTRIAGDF 
       850        860        870        880        890        900 
DGGMLDSHMS APVGVWRTVS VPKTAKPASS PNIEAGSSLP HSSFSEDSLL SYGQRQPLQD 
       910        920        930        940        950        960 
LLDGIALLVQ QATSFVDLAL DSDCGDGPYG WLALEELWRR ELSCGPSAGH AGCGGTLASC 
       970        980        990       1000       1010       1020 
HSLDIAGVKL VDPLSAEVFP SSVITLLQSD IKTALKSAFG QSDGPLSVTD WCKGRNQSGD 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
GGSISEGFTA ESALSEVNGV NISDDFIIDK YFGKQAVSNA IDGGKGDETA QSQDIYSSEL 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
LRPTLFVLPS PAILVGYQDD WLKISTNSLT HWEKAPFEPY ALPKSINYAV VCPDIDPLTC 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
AATDFFQQLG TGESTSLSFV KEVMLKHDRN WLGTHLPQSL GNQMEKDVGR LSSSGFVLLD 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
CPQSMKIESN NTSLLGSLSD YFLSLSNGWN VNSYLKSLSK ALKGLKLGSG LYTNQKEGSG 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
SPCVVVYIVC PFPDPSAVLR TIVESSIALG SVIQSDRDRR SILNSQVARA FSSSTAVDEA 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
SISHIPVLSG FSVPKLVLQV VSVDSIFRIT SPSFNELVIL KDTAFSVYNK ARRISRGMPN 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
DAFFSSSLPS RSSSALTPMN SISGIWKDCG GSRMTGSTHP RDGEIDVSLR TSGWDTSTSW 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
QIPRSGGLSC DPNRNGDFYL NDEIFYLFEP LFILSEPGSV ERGVSPTFTS LGSESSKPIP 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
EDGGRGSGPG MNSMEGITSG SSSQGDVSQL EGKAIPSLHC CYGWTEDWRW LVSIWTDARV 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
LQQGCQILQA CSSPDNGSFK PRDFVITRIG NFFELEYQEW QKAIYSAGGP EIKKWPIQLR 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
RSAPSGIATN SNGSSLQQQD LSLIQERASS TSTLYSSHSK QSTFVKGSMG QSAGRKQIMG 
      1690       1700       1710       1720       1730       1740 
GQTISGTPRG LFQWVHSISF ASISLDHSLH FVLPAELVSA GGGQSSTGMS SVNYIEGFTP 
      1750       1760       1770       1780       1790       1800 
VKSLGSTAFS YMMIPSPNMR FLHPSPLQLP TCLTAESPPL AHLLHSKGYA IPLSTGFVVS 
      1810       1820       1830       1840       1850       1860 
KAVPSMRKDS RINVKEEWPS VLSVSLIDYY GGYDNAHDKI LQGIVKQGGG TKETRDFEVE 
      1870       1880       1890       1900       1910       1920 
SHLILESIAA ELHALSWMTV SPAYLDRRTA LPFHCDMVLR LRRLLHFADK EVSRIPDKTG 
   
V



Filter Information:


(REFRESH)

Directness:


Physiological Relevance:


Evidence Codes:


Methodology:


Perturbation of System:


Biological System:


Protease Assignment Confidence:


Evidence Names:


Database:


Lab:



Protein Neighborhood

Domains & Features

1 N-termini - 1 C-termini - 0 Cleavages - 0 Substrates

N-termini
    Name Sequence Position Modification Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMID)
    F4I096-1-unknown MWTNVF... 1 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    F4I096-1-unknown MWTNVF... 1 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TNt80748

C-termini

    Name Sequence Position Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)
    ...DKTGV 1921 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot

Cleavages

    Protease Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)

Substrates

    Substrate Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)