TopFIND 4.0

F4I4P3: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

General Information

Protein names
- Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
Gene names MED23
Organism Arabidopsis thaliana
Protease Family
Protease ID
Chromosome location
UniProt ID F4I4P3

1

N-termini

1

C-termini

0

Cleavages

0

Substrates

Sequence

        10         20         30         40         50         60 
MDQSQRTVAA TPSSSRSYQF HPARAAIIDL FNLYLGRGSR QKPDESLRDP PNKSQKRVHA 
        70         80         90        100        110        120 
PNRDLPPRNE QFLLDFELLQ SQFNDPEQLR TITESVLISL VVQCSNHAPR AEFLLFALRT 
       130        140        150        160        170        180 
LCRISYINWD TFLPSLLSSV SAAEASLSQG VQAAAATAGS SATSSQSVVP VSVNPTSLLP 
       190        200        210        220        230        240 
SAHGIGSPSA SEVKSVENGQ QIARAGQIVR ENAMRNSQRI RAAAVNSLRQ LSCKIILIGV 
       250        260        270        280        290        300 
ESSLKPVTHA EIFQYMMNWL VNWDRRDLGT EDSVGKSWRS EKTLAEWLRS CLDVIWLLVE 
       310        320        330        340        350        360 
EGESRIPFYE LLRSGLQFIE NIPDDEALFT LIMEIHRRRD AMAMHMLMLD QHLHCPSFGT 
       370        380        390        400        410        420 
HRIVSQITAN VPPEAVPHLR HSPITYPSVL GEPLYGEDLA MSIPKGSLDW ERAVRCIRHA 
       430        440        450        460        470        480 
IRTTPSPDWW KRVLVVAPCY RPSTQAGPIP GAVFTSDMIC EAIIDRIVEL LKLTNSGNDC 
       490        500        510        520        530        540 
FGIDLVSVTF PPLYADANCW QEWLVFSDIF FFLIKSGCTD FVDFIDKLVL RLNGVDNHIL 
       550        560        570        580        590        600 
RTNHVTWLLA QIIRVELVMT ALNSDAKKVE TTRKILSFHR EDRNSDPNNP QSVLLDFVSS 
       610        620        630        640        650        660 
CQNLRIWSLS TTTRAYLNNE QLLKGKQIDE WWRSKGERMM DYMNMDDRSI GMFWVVSYTM 
       670        680        690        700        710        720 
AQPACETVIN WLSSAGMAEL PGLQPNDRVM MTQEVTPLPM SLLSGFSMNL CLKLALQMEE 
       730        740        750        760        770        780 
ALFVSQVVPS IAMVETYTRL LLISPHSMFR SHFSQLAQRN ASLLSKPGVT LLVLEILNYR 
       790        800        810        820        830        840 
LLPLYRYQGK SKTLMYDVTK IISALKGKRG DHRIFRLAEN LCMNLILSLR DFFSVKREGK 
       850        860        870        880        890        900 
GPTEFTETLN RITIMTLAIT IKTRGIADPD HMVYLQTMLE QILATSQHTW SEKTMRHFPS 
       910        920        930        940        950        960 
LLRETLKGRV DKRGLSIQAW QQAETTVINQ CTQLLSPSAE PAYVSTYLSH SFPQHRQYLC 
       970        980        990       1000       1010       1020 
AGACLLMQGH AENINSTNLA RVLREVSPEE VTANIYTLVD VLLHHVHVDL QQGQSLEAVL 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
DKAGANLAFF FWTHEMLPLD IFLLALIDRD DDPHALIIAM SLLKTPDLLL RIKNYCQNRG 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
SPEHWLVTQV FKRNELQKAL GNHLSWKDRY PTFFDDIAAR LLPVIPLVLY RLIENNAMEQ 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
ADNLLLAHSH FLAYHPLRFT FVRDILAYFY GHLPGKLVLR MLKVLDLSKI PFSESFPQYI 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
SPTGAPVCPP LDYFASLLLN LVNNVIPPLS SSSNCSSRSG SMADILNSSA RPPHGKTPGT 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
SQPGPANASE GQKAFYQIQD PGTYTQLVLE TAVIEILSLP VSAAQIVSSL VQIIVNIQST 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
LIQSGNGFHG AANGVGQGSV LPTSPSGGST DSMSASRSTC LIPGINTASF VSRSGYTCQQ 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
LSCLLIQACG LLLAQLPPDF HVQLYLEAAR VTRETWWLKD GKRSQGELDS AVGYALMDPT 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
WAAQDNTSTA IGNIVALLHA FFSNLPQEWL DGTNAIITNL RPVTSVAMLR VVFRIMGPLL 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
PRLASTHTLF NKTLMLLLSA LVDVFGKTAQ TTAPVEASQI ADLIDFLHHI IHYEGQGGAV 
      1570       1580       1590       1600       1610    
QTSSKPRPDI LALIGRAAET LRPDVQHLLA HLKTNPNSSI YAAAHQQNTA KTNTS

Isoforms

- Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

Sequence View

        10         20         30         40         50         60 
MDQSQRTVAA TPSSSRSYQF HPARAAIIDL FNLYLGRGSR QKPDESLRDP PNKSQKRVHA 
        70         80         90        100        110        120 
PNRDLPPRNE QFLLDFELLQ SQFNDPEQLR TITESVLISL VVQCSNHAPR AEFLLFALRT 
       130        140        150        160        170        180 
LCRISYINWD TFLPSLLSSV SAAEASLSQG VQAAAATAGS SATSSQSVVP VSVNPTSLLP 
       190        200        210        220        230        240 
SAHGIGSPSA SEVKSVENGQ QIARAGQIVR ENAMRNSQRI RAAAVNSLRQ LSCKIILIGV 
       250        260        270        280        290        300 
ESSLKPVTHA EIFQYMMNWL VNWDRRDLGT EDSVGKSWRS EKTLAEWLRS CLDVIWLLVE 
       310        320        330        340        350        360 
EGESRIPFYE LLRSGLQFIE NIPDDEALFT LIMEIHRRRD AMAMHMLMLD QHLHCPSFGT 
       370        380        390        400        410        420 
HRIVSQITAN VPPEAVPHLR HSPITYPSVL GEPLYGEDLA MSIPKGSLDW ERAVRCIRHA 
       430        440        450        460        470        480 
IRTTPSPDWW KRVLVVAPCY RPSTQAGPIP GAVFTSDMIC EAIIDRIVEL LKLTNSGNDC 
       490        500        510        520        530        540 
FGIDLVSVTF PPLYADANCW QEWLVFSDIF FFLIKSGCTD FVDFIDKLVL RLNGVDNHIL 
       550        560        570        580        590        600 
RTNHVTWLLA QIIRVELVMT ALNSDAKKVE TTRKILSFHR EDRNSDPNNP QSVLLDFVSS 
       610        620        630        640        650        660 
CQNLRIWSLS TTTRAYLNNE QLLKGKQIDE WWRSKGERMM DYMNMDDRSI GMFWVVSYTM 
       670        680        690        700        710        720 
AQPACETVIN WLSSAGMAEL PGLQPNDRVM MTQEVTPLPM SLLSGFSMNL CLKLALQMEE 
       730        740        750        760        770        780 
ALFVSQVVPS IAMVETYTRL LLISPHSMFR SHFSQLAQRN ASLLSKPGVT LLVLEILNYR 
       790        800        810        820        830        840 
LLPLYRYQGK SKTLMYDVTK IISALKGKRG DHRIFRLAEN LCMNLILSLR DFFSVKREGK 
       850        860        870        880        890        900 
GPTEFTETLN RITIMTLAIT IKTRGIADPD HMVYLQTMLE QILATSQHTW SEKTMRHFPS 
       910        920        930        940        950        960 
LLRETLKGRV DKRGLSIQAW QQAETTVINQ CTQLLSPSAE PAYVSTYLSH SFPQHRQYLC 
       970        980        990       1000       1010       1020 
AGACLLMQGH AENINSTNLA RVLREVSPEE VTANIYTLVD VLLHHVHVDL QQGQSLEAVL 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
DKAGANLAFF FWTHEMLPLD IFLLALIDRD DDPHALIIAM SLLKTPDLLL RIKNYCQNRG 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
SPEHWLVTQV FKRNELQKAL GNHLSWKDRY PTFFDDIAAR LLPVIPLVLY RLIENNAMEQ 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
ADNLLLAHSH FLAYHPLRFT FVRDILAYFY GHLPGKLVLR MLKVLDLSKI PFSESFPQYI 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
SPTGAPVCPP LDYFASLLLN LVNNVIPPLS SSSNCSSRSG SMADILNSSA RPPHGKTPGT 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
SQPGPANASE GQKAFYQIQD PGTYTQLVLE TAVIEILSLP VSAAQIVSSL VQIIVNIQST 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
LIQSGNGFHG AANGVGQGSV LPTSPSGGST DSMSASRSTC LIPGINTASF VSRSGYTCQQ 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
LSCLLIQACG LLLAQLPPDF HVQLYLEAAR VTRETWWLKD GKRSQGELDS AVGYALMDPT 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
WAAQDNTSTA IGNIVALLHA FFSNLPQEWL DGTNAIITNL RPVTSVAMLR VVFRIMGPLL 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
PRLASTHTLF NKTLMLLLSA LVDVFGKTAQ TTAPVEASQI ADLIDFLHHI IHYEGQGGAV 
      1570       1580       1590       1600       1610    
QTSSKPRPDI LALIGRAAET LRPDVQHLLA HLKTNPNSSI YAAAHQQNTA KTNTS



Filter Information:


(REFRESH)

Directness:


Physiological Relevance:


Evidence Codes:


Methodology:


Perturbation of System:


Biological System:


Protease Assignment Confidence:


Evidence Names:


Database:


Lab:



Protein Neighborhood

Domains & Features

1 N-termini - 1 C-termini - 0 Cleavages - 0 Substrates

N-termini
    Name Sequence Position Modification Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMID)
    F4I4P3-1-unknown MDQSQR... 1 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    F4I4P3-1-unknown MDQSQR... 1 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TNt80769

C-termini

    Name Sequence Position Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)
    ...KTNTS 1615 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    ...KTNTS 1615 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TCt76387

Cleavages

    Protease Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)

Substrates

    Substrate Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)