TopFIND 4.0

O88420: Sodium channel protein type 8 subunit alpha

General Information

Protein names
- Sodium channel protein type 8 subunit alpha
- Peripheral nerve protein type 4
- PN4
- Sodium channel 6
- NaCh6
- Sodium channel protein type VIII subunit alpha
- Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.6
Gene names Scn8a
Organism Rattus norvegicus
Protease Family
Protease ID
Chromosome location
UniProt ID O88420

1

N-termini

1

C-termini

0

Cleavages

0

Substrates

Sequence

        10         20         30         40         50         60 
MAARLLAPPG PDSFKPFTPE SLANIERRIA ESKLKKPPKA DGSHREDDED SKPKPNSDLE 
        70         80         90        100        110        120 
AGKSLPFIYG DIPQGLVAVP LEDFDPYYLT QKTFVVLNRG KTLFRFSATP ALYILSPFNL 
       130        140        150        160        170        180 
IRRIAIKILI HSVFSMIIMC TILTNCVFMT FSNPPEWSKN VEYTFTGIYT FESLVKIIAR 
       190        200        210        220        230        240 
GFCIDGFTFL RDPWNWLDFS VIMMAYVTEF VDLGNVSALR TFRVLRALKT ISVIPGLKTI 
       250        260        270        280        290        300 
VGALIQSVKK LSDVMILTVF CLSVFALIGL QLFMGNLRNK CVVWPINFNE SYLENGTRGF 
       310        320        330        340        350        360 
DWEEYINNKT NFYMVPGMLE PLLCGNSSDA GQCPEGFQCM KAGRNPNYGY TSFDTFSWAF 
       370        380        390        400        410        420 
LALFRLMTQD YWENLYQLTL RAAGKTYMIF FVLVIFVGSF YLVNLILAVV AMAYEEQNQA 
       430        440        450        460        470        480 
TLEEAEQKEA EFKAMLEQLK KQQEEAQAAA MATSAGTVSE DAIEEEGEDG VGSPRSSSEL 
       490        500        510        520        530        540 
SKLSSKSAKE RRNRRKKRKQ KELSEGEEKG DPEKVFKSES EDGMRRKAFR LPDNRIGRKF 
       550        560        570        580        590        600 
SIMNQSLLSI PGSPFLSRHN SKSSIFSFRG PGRFRDPGSE NEFADDEHST VEESEGRRDS 
       610        620        630        640        650        660 
LFIPIRARER RSSYSGYSGY SQCSRSSRIF PSLRRSVKRN STVDCNGVVS LIGPGSHIGR 
       670        680        690        700        710        720 
LLPEATTEVE IKKKGPGSLL VSMDQLASYG RKDRINSIMS VVTNTLVEEL EESQRKCPPC 
       730        740        750        760        770        780 
WYKFANTFLI WECHPYWIKL KEIVNLIVMD PFVDLAITIC IVLNTLFMAM EHHPMTPQFE 
       790        800        810        820        830        840 
HVLAVGNLVF TGIFTAEMFL KLIAMDPYYY FQEGWNIFDG FIVSLSLMEL SLADVEGLSV 
       850        860        870        880        890        900 
LRSFRLLRVF KLAKSWPTLN MLIKIIGNSV GALGNLTLVL AIIVFIFAVV GMQLFGKSYK 
       910        920        930        940        950        960 
ECVCKINQEC KLPRWHMNDF FHSFLIVFRV LCGEWIETMW DCMEVAGQAM CLIVFMMVMV 
       970        980        990       1000       1010       1020 
IGNLVVLNLF LALLLSSFSA DNLAATDDDG EMNNLQISVI RIKKGVAWTK VKVHAFMQAH 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
FKQREADEVK PLDELYEKKA NCIANHTGVD IHRNGDFQKN GNGTTSGIGS SVEKYIIDED 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
HMSFINNPNL TVRVPIAVGE SDFENLNTED VSSESDPEGS KDKLDDTSSS EGSTIDIKPE 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
VEEVPVEQPE EYLDPDACFT EGCVQRFKCC QVNIEEGLGK SWWILRKTCF LIVEHNWFET 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
FIIFMILLSS GALAFEDIYI EQRKTIRTIL EYADKVFTYI FILEMLLKWT AYGFVKFFTN 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
AWCWLDFLIV AVSLVSLIAN ALGYSELGAI KSLRTLRALR PLRALSRFEG MRVVVNALVG 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
AIPSIMNVLL VCLIFWLIFS IMGVNLFAGK YHYCFNETSE IRFEIDIVNN KTDCEKLMEG 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
NSTEIRWKNV KINFDNVGAG YLALLQVATF KGWMDIMYAA VDSRKPDEQP DYEGNIYMYI 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
YFVIFIIFGS FFTLNLFIGV IIDNFNQQKK KFGGQDIFMT EEQKKYYNAM KKLGSKKPQK 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
PIPRPLNKIQ GIVFDFVTQQ AFDIVIMMLI CLNMVTMMVE TDTQSKQMEN ILYWINLVFV 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
IFFTCECVLK MFALRHYYFT IGWNIFDFVV VILSIVGMFL ADIIEKYFVS PTLFRVIRLA 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
RIGRILRLIK GAKGIRTLLF ALMMSLPALF NIGLLLFLVM FIFSIFGMSN FAYVKHEAGI 
      1690       1700       1710       1720       1730       1740 
DDMFNFETFG NSMICLFQIT TSAGWDGLLL PILNRPPDCS LDKEHPGSGF KGDCGNPSVG 
      1750       1760       1770       1780       1790       1800 
IFFFVSYIII SFLIVVNMYI AIILENFSVA TEESADPLSE DDFETFYEIW EKFDPDATQF 
      1810       1820       1830       1840       1850       1860 
IEYCKLADFA DALEHPLRVP KPNTIELIAM DLPMVSGDRI HCLDILFAFT KRVLGDSGEL 
      1870       1880       1890       1900       1910       1920 
DILRQQMEER FVASNPSKVS YEPITTTLRR KQEEVSAVVL QRAYRGHLAR RGFICRKMAS 
      1930       1940       1950       1960       1970    
NKLENGGTHR DKKESTPSTA SLPSYDSVTK PDKEKQQRAE EGRRERAKRQ KEVRESKC

Isoforms

- Isoform 2 of Sodium channel protein type 8 subunit alpha

Sequence View

        10         20         30         40         50         60 
MAARLLAPPG PDSFKPFTPE SLANIERRIA ESKLKKPPKA DGSHREDDED SKPKPNSDLE 
        70         80         90        100        110        120 
AGKSLPFIYG DIPQGLVAVP LEDFDPYYLT QKTFVVLNRG KTLFRFSATP ALYILSPFNL 
       130        140        150        160        170        180 
IRRIAIKILI HSVFSMIIMC TILTNCVFMT FSNPPEWSKN VEYTFTGIYT FESLVKIIAR 
       190        200        210        220        230        240 
GFCIDGFTFL RDPWNWLDFS VIMMAYVTEF VDLGNVSALR TFRVLRALKT ISVIPGLKTI 
       250        260        270        280        290        300 
VGALIQSVKK LSDVMILTVF CLSVFALIGL QLFMGNLRNK CVVWPINFNE SYLENGTRGF 
       310        320        330        340        350        360 
DWEEYINNKT NFYMVPGMLE PLLCGNSSDA GQCPEGFQCM KAGRNPNYGY TSFDTFSWAF 
       370        380        390        400        410        420 
LALFRLMTQD YWENLYQLTL RAAGKTYMIF FVLVIFVGSF YLVNLILAVV AMAYEEQNQA 
       430        440        450        460        470        480 
TLEEAEQKEA EFKAMLEQLK KQQEEAQAAA MATSAGTVSE DAIEEEGEDG VGSPRSSSEL 
       490        500        510        520        530        540 
SKLSSKSAKE RRNRRKKRKQ KELSEGEEKG DPEKVFKSES EDGMRRKAFR LPDNRIGRKF 
       550        560        570        580        590        600 
SIMNQSLLSI PGSPFLSRHN SKSSIFSFRG PGRFRDPGSE NEFADDEHST VEESEGRRDS 
       610        620        630        640        650        660 
LFIPIRARER RSSYSGYSGY SQCSRSSRIF PSLRRSVKRN STVDCNGVVS LIGPGSHIGR 
       670        680        690        700        710        720 
LLPEATTEVE IKKKGPGSLL VSMDQLASYG RKDRINSIMS VVTNTLVEEL EESQRKCPPC 
       730        740        750        760        770        780 
WYKFANTFLI WECHPYWIKL KEIVNLIVMD PFVDLAITIC IVLNTLFMAM EHHPMTPQFE 
       790        800        810        820        830        840 
HVLAVGNLVF TGIFTAEMFL KLIAMDPYYY FQEGWNIFDG FIVSLSLMEL SLADVEGLSV 
       850        860        870        880        890        900 
LRSFRLLRVF KLAKSWPTLN MLIKIIGNSV GALGNLTLVL AIIVFIFAVV GMQLFGKSYK 
       910        920        930        940        950        960 
ECVCKINQEC KLPRWHMNDF FHSFLIVFRV LCGEWIETMW DCMEVAGQAM CLIVFMMVMV 
       970        980        990       1000       1010       1020 
IGNLVVLNLF LALLLSSFSA DNLAATDDDG EMNNLQISVI RIKKGVAWTK VKVHAFMQAH 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
FKQREADEVK PLDELYEKKA NCIANHTGVD IHRNGDFQKN GNGTTSGIGS SVEKYIIDED 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
HMSFINNPNL TVRVPIAVGE SDFENLNTED VSSESDPEGS KDKLDDTSSS EGSTIDIKPE 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
VEEVPVEQPE EYLDPDACFT EGCVQRFKCC QVNIEEGLGK SWWILRKTCF LIVEHNWFET 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
FIIFMILLSS GALAFEDIYI EQRKTIRTIL EYADKVFTYI FILEMLLKWT AYGFVKFFTN 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
AWCWLDFLIV AVSLVSLIAN ALGYSELGAI KSLRTLRALR PLRALSRFEG MRVVVNALVG 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
AIPSIMNVLL VCLIFWLIFS IMGVNLFAGK YHYCFNETSE IRFEIDIVNN KTDCEKLMEG 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
NSTEIRWKNV KINFDNVGAG YLALLQVATF KGWMDIMYAA VDSRKPDEQP DYEGNIYMYI 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
YFVIFIIFGS FFTLNLFIGV IIDNFNQQKK KFGGQDIFMT EEQKKYYNAM KKLGSKKPQK 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
PIPRPLNKIQ GIVFDFVTQQ AFDIVIMMLI CLNMVTMMVE TDTQSKQMEN ILYWINLVFV 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
IFFTCECVLK MFALRHYYFT IGWNIFDFVV VILSIVGMFL ADIIEKYFVS PTLFRVIRLA 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
RIGRILRLIK GAKGIRTLLF ALMMSLPALF NIGLLLFLVM FIFSIFGMSN FAYVKHEAGI 
      1690       1700       1710       1720       1730       1740 
DDMFNFETFG NSMICLFQIT TSAGWDGLLL PILNRPPDCS LDKEHPGSGF KGDCGNPSVG 
      1750       1760       1770       1780       1790       1800 
IFFFVSYIII SFLIVVNMYI AIILENFSVA TEESADPLSE DDFETFYEIW EKFDPDATQF 
      1810       1820       1830       1840       1850       1860 
IEYCKLADFA DALEHPLRVP KPNTIELIAM DLPMVSGDRI HCLDILFAFT KRVLGDSGEL 
      1870       1880       1890       1900       1910       1920 
DILRQQMEER FVASNPSKVS YEPITTTLRR KQEEVSAVVL QRAYRGHLAR RGFICRKMAS 
      1930       1940       1950       1960       1970    
NKLENGGTHR DKKESTPSTA SLPSYDSVTK PDKEKQQRAE EGRRERAKRQ KEVRESKC



Filter Information:


(REFRESH)

Directness:


Physiological Relevance:


Evidence Codes:


Methodology:


Perturbation of System:


Biological System:


Protease Assignment Confidence:


Evidence Names:


Database:


Lab:



Protein Neighborhood

Domains & Features

1 N-termini - 1 C-termini - 0 Cleavages - 0 Substrates

N-termini
    Name Sequence Position Modification Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMID)
    O88420-1-unknown MAARLL... 1 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    O88420-1-unknown MAARLL... 1 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TNt193457

C-termini

    Name Sequence Position Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)
    ...RESKC 1978 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    ...RESKC 1978 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TCt153403

Cleavages

    Protease Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)

Substrates

    Substrate Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)