TopFIND 4.0

P97789: 5'-3' exoribonuclease 1

General Information

Protein names
- 5'-3' exoribonuclease 1
- mXRN1
- 3.1.13.-
- Protein Dhm2
- Strand-exchange protein 1 homolog
Gene names Xrn1
Organism Mus musculus
Protease Family
Protease ID
Chromosome location
UniProt ID P97789

1

N-termini

1

C-termini

0

Cleavages

0

Substrates

Sequence

        10         20         30         40         50         60 
MGVPKFYRWI SERYPCLSEV VKEHQIPEFD NLYLDMNGII HQCSHPNDDD VHFRISDDKI 
        70         80         90        100        110        120 
FTDIFHYLEV LFRIIKPRKV FFMAVDGVAP RAKMNQQRGR RFRSAKEAED KIKKAIEKGE 
       130        140        150        160        170        180 
TLPTEARFDS NCITPGTEFM ARLHEHLKYF VNMKISTDKS WQGVTIYFSG HETPGEGEHK 
       190        200        210        220        230        240 
IMEFIRSEKA KPDHDPNTRH CLYGLDADLI MLGLTSHEAH FSLLREEVRF GGKKTQRVCA 
       250        260        270        280        290        300 
PEETTFHLLH LSLMREYIDY EFSALKEKIT FKYDIEKIID DWILMGFLVG NDFIPHLPHL 
       310        320        330        340        350        360 
HINHDALPLL YGTYIAILPE LGGYINESGH LNLPRFERYL VKLSDFDREH FSEVFVDLKW 
       370        380        390        400        410        420 
FESKVGNKYL NEAAGAAAEE AKNCKEKRKP KGQENSLSWA ALDKSEGEGV ASRDNFEDET 
       430        440        450        460        470        480 
EDDDLFETEF RQYKRTYYMT KMGVDVVSDE FLANQAACYV QAIQWILHYY YHGVQSWSWY 
       490        500        510        520        530        540 
YPYHYAPFLS DIRSISTLKI HFELGKPFKP FEQLLAVLPS ASKNLLPTCY QHLMTSEDSP 
       550        560        570        580        590        600 
IIEYYPPDFK TDLNGKQQEW EAVVLIPFID ETRLLEAMET CNHSLKKEER KRNQHSECLM 
       610        620        630        640        650        660 
CWYDRDTEFT YSSPWPEKFP AIERCCTRYK MISLDAWRVD INKNKITRVD QKALYFCGFP 
       670        680        690        700        710        720 
TLKHIKHKFF LKKSGVQVFQ QSSRGENLML EISVNAEPDE LRIENIASAV LGKAVFVNWP 
       730        740        750        760        770        780 
HLEEARVVAV SDGETKFYIE EPPGTQKVYL GKTAPPSKVI QLTDKEQSNW TKEIQGISEQ 
       790        800        810        820        830        840 
YLRRKGIIIN ETSAVVYAQL LTGRKYQISQ NGEVRLEKQW SKQILPFVYQ TIVKDIRAFD 
       850        860        870        880        890        900 
SRFSNIKTLD DLFPPRTMVF MLGTPYYGCT GEVQDSGDLI TEGRIRVVFS IPCEPNLDAL 
       910        920        930        940        950        960 
IQNQHKYSIK YNPGYVLAGR LGVSGYLVSR FTGSIFIGRG SRRNPHGDHK ANVGLNLKFN 
       970        980        990       1000       1010       1020 
KKNEEVPGYT KKVGNEWMYS SAAEQLLAEY IERAPELFSY IAKNSQEDVF YEDDIWPGEN 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
ENGAEKVQEI ITWLKGHPVS TLSRSSCDLH ILDAAIVEKI EEEVEKCKQR KSNKKVRVTV 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
KPHLMYRPLE QQHGVIPDRD AEFRLFDRVV NVRESFSVPV GLRGTVIGIK GASREADVLF 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
EVLFDEEFPG GLTIRCSPGR GYRLPTSALV NLSHGSRCET GNQKLTAIVK PQPSVSHCSA 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
APSGHLGGLN HSPQSPFLPT QVPTKGDDEF CNIWQSLQGA GKTQHLQPTV QEKGAVLPQE 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
ISQVTEGHKS GFTDHSVRHQ QRKHDSQRKF KEEYKSPKAE CQSQKLSSKQ TSGGSARCSI 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
KLLKRNESPG TSEAQKVVTS YPNAVHKPPS GIENFLASLN LSKENEAQLP HHGEPPDEAD 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
LSPQSFAMKG TRMLKEILKI DSPDTRDSKN DMKKSDNEAT VSSRRDERGV SAHPKPTCHM 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
NKPHGTNEFQ NVASVDSVCW PGQMPPVSTP VTELSRICSL VGMPQPDFSF LRTTQTMTVC 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
QVKLSNGLLV HGPQCHSESE AKERAALFAL QQLGSLGVSF PLPPPIFTNY PPAVPPGAVP 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
PVFTQPTANI MPSSSHLFGS VSWRPPVPVA GNAFHYPSYP GTMPLAGGVP GGVHSQFIPL 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
QVTKKRVANR KNFENKEAQS SQATPLQTNK PGSSEATKMT PQESPPASSS SSQAAQPVSS 
      1690       1700       1710    
HVETASQGHV GSQPRSAPSS SKRKSRKLAV NFSVSKPSE

Isoforms

- Isoform 2 of 5'-3' exoribonuclease 1 - Isoform 3 of 5'-3' exoribonuclease 1

Sequence View

        10         20         30         40         50         60 
MGVPKFYRWI SERYPCLSEV VKEHQIPEFD NLYLDMNGII HQCSHPNDDD VHFRISDDKI 
        70         80         90        100        110        120 
FTDIFHYLEV LFRIIKPRKV FFMAVDGVAP RAKMNQQRGR RFRSAKEAED KIKKAIEKGE 
       130        140        150        160        170        180 
TLPTEARFDS NCITPGTEFM ARLHEHLKYF VNMKISTDKS WQGVTIYFSG HETPGEGEHK 
       190        200        210        220        230        240 
IMEFIRSEKA KPDHDPNTRH CLYGLDADLI MLGLTSHEAH FSLLREEVRF GGKKTQRVCA 
       250        260        270        280        290        300 
PEETTFHLLH LSLMREYIDY EFSALKEKIT FKYDIEKIID DWILMGFLVG NDFIPHLPHL 
       310        320        330        340        350        360 
HINHDALPLL YGTYIAILPE LGGYINESGH LNLPRFERYL VKLSDFDREH FSEVFVDLKW 
       370        380        390        400        410        420 
FESKVGNKYL NEAAGAAAEE AKNCKEKRKP KGQENSLSWA ALDKSEGEGV ASRDNFEDET 
       430        440        450        460        470        480 
EDDDLFETEF RQYKRTYYMT KMGVDVVSDE FLANQAACYV QAIQWILHYY YHGVQSWSWY 
       490        500        510        520        530        540 
YPYHYAPFLS DIRSISTLKI HFELGKPFKP FEQLLAVLPS ASKNLLPTCY QHLMTSEDSP 
       550        560        570        580        590        600 
IIEYYPPDFK TDLNGKQQEW EAVVLIPFID ETRLLEAMET CNHSLKKEER KRNQHSECLM 
       610        620        630        640        650        660 
CWYDRDTEFT YSSPWPEKFP AIERCCTRYK MISLDAWRVD INKNKITRVD QKALYFCGFP 
       670        680        690        700        710        720 
TLKHIKHKFF LKKSGVQVFQ QSSRGENLML EISVNAEPDE LRIENIASAV LGKAVFVNWP 
       730        740        750        760        770        780 
HLEEARVVAV SDGETKFYIE EPPGTQKVYL GKTAPPSKVI QLTDKEQSNW TKEIQGISEQ 
       790        800        810        820        830        840 
YLRRKGIIIN ETSAVVYAQL LTGRKYQISQ NGEVRLEKQW SKQILPFVYQ TIVKDIRAFD 
       850        860        870        880        890        900 
SRFSNIKTLD DLFPPRTMVF MLGTPYYGCT GEVQDSGDLI TEGRIRVVFS IPCEPNLDAL 
       910        920        930        940        950        960 
IQNQHKYSIK YNPGYVLAGR LGVSGYLVSR FTGSIFIGRG SRRNPHGDHK ANVGLNLKFN 
       970        980        990       1000       1010       1020 
KKNEEVPGYT KKVGNEWMYS SAAEQLLAEY IERAPELFSY IAKNSQEDVF YEDDIWPGEN 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
ENGAEKVQEI ITWLKGHPVS TLSRSSCDLH ILDAAIVEKI EEEVEKCKQR KSNKKVRVTV 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
KPHLMYRPLE QQHGVIPDRD AEFRLFDRVV NVRESFSVPV GLRGTVIGIK GASREADVLF 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
EVLFDEEFPG GLTIRCSPGR GYRLPTSALV NLSHGSRCET GNQKLTAIVK PQPSVSHCSA 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
APSGHLGGLN HSPQSPFLPT QVPTKGDDEF CNIWQSLQGA GKTQHLQPTV QEKGAVLPQE 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
ISQVTEGHKS GFTDHSVRHQ QRKHDSQRKF KEEYKSPKAE CQSQKLSSKQ TSGGSARCSI 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
KLLKRNESPG TSEAQKVVTS YPNAVHKPPS GIENFLASLN LSKENEAQLP HHGEPPDEAD 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
LSPQSFAMKG TRMLKEILKI DSPDTRDSKN DMKKSDNEAT VSSRRDERGV SAHPKPTCHM 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
NKPHGTNEFQ NVASVDSVCW PGQMPPVSTP VTELSRICSL VGMPQPDFSF LRTTQTMTVC 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
QVKLSNGLLV HGPQCHSESE AKERAALFAL QQLGSLGVSF PLPPPIFTNY PPAVPPGAVP 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
PVFTQPTANI MPSSSHLFGS VSWRPPVPVA GNAFHYPSYP GTMPLAGGVP GGVHSQFIPL 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
QVTKKRVANR KNFENKEAQS SQATPLQTNK PGSSEATKMT PQESPPASSS SSQAAQPVSS 
      1690       1700       1710    
HVETASQGHV GSQPRSAPSS SKRKSRKLAV NFSVSKPSE         10         20         30         40         50         60 
MGVPKFYRWI SERYPCLSEV VKEHQIPEFD NLYLDMNGII HQCSHPNDDD VHFRISDDKI 
        70         80         90        100        110        120 
FTDIFHYLEV LFRIIKPRKV FFMAVDGVAP RAKMNQQRGR RFRSAKEAED KIKKAIEKGE 
       130        140        150        160        170        180 
TLPTEARFDS NCITPGTEFM ARLHEHLKYF VNMKISTDKS WQGVTIYFSG HETPGEGEHK 
       190        200        210        220        230        240 
IMEFIRSEKA KPDHDPNTRH CLYGLDADLI MLGLTSHEAH FSLLREEVRF GGKKTQRVCA 
       250        260        270        280        290        300 
PEETTFHLLH LSLMREYIDY EFSALKEKIT FKYDIEKIID DWILMGFLVG NDFIPHLPHL 
       310        320        330        340        350        360 
HINHDALPLL YGTYIAILPE LGGYINESGH LNLPRFERYL VKLSDFDREH FSEVFVDLKW 
       370        380        390        400        410        420 
FESKVGNKYL NEAAGAAAEE AKNCKEKRKP KGQENSLSWA ALDKSEGEGV ASRDNFEDET 
       430        440        450        460        470        480 
EDDDLFETEF RQYKRTYYMT KMGVDVVSDE FLANQAACYV QAIQWILHYY YHGVQSWSWY 
       490        500        510        520        530        540 
YPYHYAPFLS DIRSISTLKI HFELGKPFKP FEQLLAVLPS ASKNLLPTCY QHLMTSEDSP 
       550        560        570        580        590        600 
IIEYYPPDFK TDLNGKQQEW EAVVLIPFID ETRLLEAMET CNHSLKKEER KRNQHSECLM 
       610        620        630        640        650        660 
CWYDRDTEFT YSSPWPEKFP AIERCCTRYK MISLDAWRVD INKNKITRVD QKALYFCGFP 
       670        680        690        700        710        720 
TLKHIKHKFF LKKSGVQVFQ QSSRGENLML EISVNAEPDE LRIENIASAV LGKAVFVNWP 
       730        740        750        760        770        780 
HLEEARVVAV SDGETKFYIE EPPGTQKVYL GKTAPPSKVI QLTDKEQSNW TKEIQGISEQ 
       790        800        810        820        830        840 
YLRRKGIIIN ETSAVVYAQL LTGRKYQISQ NGEVRLEKQW SKQILPFVYQ TIVKDIRAFD 
       850        860        870        880        890        900 
SRFSNIKTLD DLFPPRTMVF MLGTPYYGCT GEVQDSGDLI TEGRIRVVFS IPCEPNLDAL 
       910        920        930        940        950        960 
IQNQHKYSIK YNPGYVLAGR LGVSGYLVSR FTGSIFIGRG SRRNPHGDHK ANVGLNLKFN 
       970        980        990       1000       1010       1020 
KKNEEVPGYT KKVGNEWMYS SAAEQLLAEY IERAPELFSY IAKNSQEDVF YEDDIWPGEN 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
ENGAEKVQEI ITWLKGHPVS TLSRSSCDLH ILDAAIVEKI EEEVEKCKQR KSNKKVRVTV 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
KPHLMYRPLE QQHGVIPDRD AEFRLFDRVV NVRESFSVPV GLRGTVIGIK GASREADVLF 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
EVLFDEEFPG GLTIRCSPGR GYRLPTSALV NLSHGSRCET GNQKLTAIVK PQPSVSHCSA 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
APSGHLGGLN HSPQSPFLPT QVPTKGDDEF CNIWQSLQGA GKTQHLQPTV QEKGAVLPQE 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
ISQVTEGHKS GFTDHSVRHQ QRKHDSQRKF KEEYKSPKAE CQSQKLSSKQ TSGGSARCSI 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
KLLKRNESPG TSEAQKVVTS YPNAVHKPPS GIENFLASLN LSKENEAQLP HHGEPPDEAD 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
LSPQSFAMKG TRMLKEILKI DSPDTRDSKN DMKKSDNEAT VSSRRDERGV SAHPKPTCHM 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
NKPHGTNEFQ NVASVDSVCW PGQMPPVSTP VTELSRICSL VGMPQPDFSF LRTTQTMTVC 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
QVKLSNGLLV HGPQCHSESE AKERAALFAL QQLGSLGVSF PLPPPIFTNY PPAVPPGAVP 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
PVFTQPTANI MPSSSHLFGS VSWRPPVPVA GNAFHYPSYP GTMPLAGGVP GGVHSQFIPL 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
QVTKKRVANR KNFENKEAQS SQATPLQTNK PGSSEATKMT PQESPPASSS SSQAAQPVSS 
      1690       1700       1710    
HVETASQGHV GSQPRSAPSS SKRKSRKLAV NFSVSKPSE



Filter Information:


(REFRESH)

Directness:


Physiological Relevance:


Evidence Codes:


Methodology:


Perturbation of System:


Biological System:


Protease Assignment Confidence:


Evidence Names:


Database:


Lab:



Protein Neighborhood

Domains & Features

1 N-termini - 1 C-termini - 0 Cleavages - 0 Substrates

N-termini
    Name Sequence Position Modification Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMID)
    P97789-1-unknown MGVPKF... 1 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    P97789-1-unknown MGVPKF... 1 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TNt94750
    P97789-1-unknown MGVPKF... 1 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TNt94751

C-termini

    Name Sequence Position Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)
    ...SKPSE 1719 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    ...SKPSE 1719 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TCt90368

Cleavages

    Protease Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)

Substrates

    Substrate Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)