TopFIND 4.0

Q8IZH2: 5'-3' exoribonuclease 1

General Information

Protein names
- 5'-3' exoribonuclease 1
- 3.1.13.-
- Strand-exchange protein 1 homolog
Gene names XRN1
Organism Homo sapiens
Protease Family
Protease ID
Chromosome location
UniProt ID Q8IZH2

2

N-termini

1

C-termini

0

Cleavages

0

Substrates

Sequence

        10         20         30         40         50         60 
MGVPKFYRWI SERYPCLSEV VKEHQIPEFD NLYLDMNGII HQCSHPNDDD VHFRISDDKI 
        70         80         90        100        110        120 
FTDIFHYLEV LFRIIKPRKV FFMAVDGVAP RAKMNQQRGR RFRSAKEAED KIKKAIEKGE 
       130        140        150        160        170        180 
TLPTEARFDS NCITPGTEFM ARLHEHLKYF VNMKISTDKS WQGVTIYFSG HETPGEGEHK 
       190        200        210        220        230        240 
IMEFIRSEKA KPDHDPNTRH CLYGLDADLI MLGLTSHEAH FSLLREEVRF GGKKTQRVCA 
       250        260        270        280        290        300 
PEETTFHLLH LSLMREYIDY EFSVLKEKIT FKYDIERIID DWILMGFLVG NDFIPHLPHL 
       310        320        330        340        350        360 
HINHDALPLL YGTYVTILPE LGGYINESGH LNLPRFEKYL VKLSDFDREH FSEVFVDLKW 
       370        380        390        400        410        420 
FESKVGNKYL NEAAGVAAEE ARNYKEKKKL KGQENSLCWT ALDKNEGEMI TSKDNLEDET 
       430        440        450        460        470        480 
EDDDLFETEF RQYKRTYYMT KMGVDVVSDD FLADQAACYV QAIQWILHYY YHGVQSWSWY 
       490        500        510        520        530        540 
YPYHYAPFLS DIHNISTLKI HFELGKPFKP FEQLLAVLPA ASKNLLPACY QHLMTNEDSP 
       550        560        570        580        590        600 
IIEYYPPDFK TDLNGKQQEW EAVVLIPFID EKRLLEAMET CNHSLKKEER KRNQHSECLM 
       610        620        630        640        650        660 
CWYDRDTEFI YPSPWPEKFP AIERCCTRYK IISLDAWRVD INKNKITRID QKALYFCGFP 
       670        680        690        700        710        720 
TLKHIRHKFF LKKSGVQVFQ QSSRGENMML EILVDAESDE LTVENVASSV LGKSVFVNWP 
       730        740        750        760        770        780 
HLEEARVVAV SDGETKFYLE EPPGTQKLYS GRTAPPSKVV HLGDKEQSNW AKEVQGISEH 
       790        800        810        820        830        840 
YLRRKGIIIN ETSAVVYAQL LTGRKYQINQ NGEVRLEKQW SKQVVPFVYQ TIVKDIRAFD 
       850        860        870        880        890        900 
SRFSNIKTLD DLFPLRSMVF MLGTPYYGCT GEVQDSGDVI TEGRIRVIFS IPCEPNLDAL 
       910        920        930        940        950        960 
IQNQHKYSIK YNPGYVLASR LGVSGYLVSR FTGSIFIGRG SRRNPHGDHK ANVGLNLKFN 
       970        980        990       1000       1010       1020 
KKNEEVPGYT KKVGSEWMYS SAAEQLLAEY LERAPELFSY IAKNSQEDVF YEDDIWPGEN 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
ENGAEKVQEI ITWLKGHPVS TLSRSSCDLQ ILDAAIVEKI EEEVEKCKQR KNNKKVRVTV 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
KPHLLYRPLE QQHGVIPDRD AEFCLFDRVV NVRENFSVPV GLRGTIIGIK GANREADVLF 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
EVLFDEEFPG GLTIRCSPGR GYRLPTSALV NLSHGSRSET GNQKLTAIVK PQPAVHQHSS 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
SSSVSSGHLG ALNHSPQSLF VPTQVPTKDD DEFCNIWQSL QGSGKMQYFQ PTIQEKGAVL 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
PQEISQVNQH HKSGFNDNSV KYQQRKHDPH RKFKEECKSP KAECWSQKMS NKQPNSGIEN 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
FLASLNISKE NEVQSSHHGE PPSEEHLSPQ SFAMGTRMLK EILKIDGSNT VDHKNEIKQI 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
ANEIPVSSNR RDEYGLPSQP KQNKKLASYM NKPHSANEYH NVQSMDNMCW PAPSQIPPVS 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
TPVTELSRIC SLVGMPQPDF SFLRMPQTMT VCQVKLSNGL LVHGPQCHSE NEAKEKAALF 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
ALQQLGSLGM NFPLPSQVFA NYPSAVPPGT IPPAFPPPTG WDHYGSNYAL GAANIMPSSS 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
HLFGSMPWGP SVPVPGKPFH HTLYSGTMPM AGGIPGGVHN QFIPLQVTKK RVANKKNFEN 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
KEAQSSQATP VQTSQPDSSN IVKVSPRESS SASLKSSPIA QPASSFQVET ASQGHSISHH 
      1690       1700    
KSTPISSSRR KSRKLAVNFG VSKPSE

Isoforms

- Isoform 2 of 5'-3' exoribonuclease 1 - Isoform 3 of 5'-3' exoribonuclease 1

Sequence View

        10         20         30         40         50         60 
MGVPKFYRWI SERYPCLSEV VKEHQIPEFD NLYLDMNGII HQCSHPNDDD VHFRISDDKI 
        70         80         90        100        110        120 
FTDIFHYLEV LFRIIKPRKV FFMAVDGVAP RAKMNQQRGR RFRSAKEAED KIKKAIEKGE 
       130        140        150        160        170        180 
TLPTEARFDS NCITPGTEFM ARLHEHLKYF VNMKISTDKS WQGVTIYFSG HETPGEGEHK 
       190        200        210        220        230        240 
IMEFIRSEKA KPDHDPNTRH CLYGLDADLI MLGLTSHEAH FSLLREEVRF GGKKTQRVCA 
       250        260        270        280        290        300 
PEETTFHLLH LSLMREYIDY EFSVLKEKIT FKYDIERIID DWILMGFLVG NDFIPHLPHL 
       310        320        330        340        350        360 
HINHDALPLL YGTYVTILPE LGGYINESGH LNLPRFEKYL VKLSDFDREH FSEVFVDLKW 
       370        380        390        400        410        420 
FESKVGNKYL NEAAGVAAEE ARNYKEKKKL KGQENSLCWT ALDKNEGEMI TSKDNLEDET 
       430        440        450        460        470        480 
EDDDLFETEF RQYKRTYYMT KMGVDVVSDD FLADQAACYV QAIQWILHYY YHGVQSWSWY 
       490        500        510        520        530        540 
YPYHYAPFLS DIHNISTLKI HFELGKPFKP FEQLLAVLPA ASKNLLPACY QHLMTNEDSP 
       550        560        570        580        590        600 
IIEYYPPDFK TDLNGKQQEW EAVVLIPFID EKRLLEAMET CNHSLKKEER KRNQHSECLM 
       610        620        630        640        650        660 
CWYDRDTEFI YPSPWPEKFP AIERCCTRYK IISLDAWRVD INKNKITRID QKALYFCGFP 
       670        680        690        700        710        720 
TLKHIRHKFF LKKSGVQVFQ QSSRGENMML EILVDAESDE LTVENVASSV LGKSVFVNWP 
       730        740        750        760        770        780 
HLEEARVVAV SDGETKFYLE EPPGTQKLYS GRTAPPSKVV HLGDKEQSNW AKEVQGISEH 
       790        800        810        820        830        840 
YLRRKGIIIN ETSAVVYAQL LTGRKYQINQ NGEVRLEKQW SKQVVPFVYQ TIVKDIRAFD 
       850        860        870        880        890        900 
SRFSNIKTLD DLFPLRSMVF MLGTPYYGCT GEVQDSGDVI TEGRIRVIFS IPCEPNLDAL 
       910        920        930        940        950        960 
IQNQHKYSIK YNPGYVLASR LGVSGYLVSR FTGSIFIGRG SRRNPHGDHK ANVGLNLKFN 
       970        980        990       1000       1010       1020 
KKNEEVPGYT KKVGSEWMYS SAAEQLLAEY LERAPELFSY IAKNSQEDVF YEDDIWPGEN 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
ENGAEKVQEI ITWLKGHPVS TLSRSSCDLQ ILDAAIVEKI EEEVEKCKQR KNNKKVRVTV 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
KPHLLYRPLE QQHGVIPDRD AEFCLFDRVV NVRENFSVPV GLRGTIIGIK GANREADVLF 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
EVLFDEEFPG GLTIRCSPGR GYRLPTSALV NLSHGSRSET GNQKLTAIVK PQPAVHQHSS 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
SSSVSSGHLG ALNHSPQSLF VPTQVPTKDD DEFCNIWQSL QGSGKMQYFQ PTIQEKGAVL 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
PQEISQVNQH HKSGFNDNSV KYQQRKHDPH RKFKEECKSP KAECWSQKMS NKQPNSGIEN 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
FLASLNISKE NEVQSSHHGE PPSEEHLSPQ SFAMGTRMLK EILKIDGSNT VDHKNEIKQI 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
ANEIPVSSNR RDEYGLPSQP KQNKKLASYM NKPHSANEYH NVQSMDNMCW PAPSQIPPVS 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
TPVTELSRIC SLVGMPQPDF SFLRMPQTMT VCQVKLSNGL LVHGPQCHSE NEAKEKAALF 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
ALQQLGSLGM NFPLPSQVFA NYPSAVPPGT IPPAFPPPTG WDHYGSNYAL GAANIMPSSS 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
HLFGSMPWGP SVPVPGKPFH HTLYSGTMPM AGGIPGGVHN QFIPLQVTKK RVANKKNFEN 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
KEAQSSQATP VQTSQPDSSN IVKVSPRESS SASLKSSPIA QPASSFQVET ASQGHSISHH 
      1690       1700    
KSTPISSSRR KSRKLAVNFG VSKPSE         10         20         30         40         50         60 
MGVPKFYRWI SERYPCLSEV VKEHQIPEFD NLYLDMNGII HQCSHPNDDD VHFRISDDKI 
        70         80         90        100        110        120 
FTDIFHYLEV LFRIIKPRKV FFMAVDGVAP RAKMNQQRGR RFRSAKEAED KIKKAIEKGE 
       130        140        150        160        170        180 
TLPTEARFDS NCITPGTEFM ARLHEHLKYF VNMKISTDKS WQGVTIYFSG HETPGEGEHK 
       190        200        210        220        230        240 
IMEFIRSEKA KPDHDPNTRH CLYGLDADLI MLGLTSHEAH FSLLREEVRF GGKKTQRVCA 
       250        260        270        280        290        300 
PEETTFHLLH LSLMREYIDY EFSVLKEKIT FKYDIERIID DWILMGFLVG NDFIPHLPHL 
       310        320        330        340        350        360 
HINHDALPLL YGTYVTILPE LGGYINESGH LNLPRFEKYL VKLSDFDREH FSEVFVDLKW 
       370        380        390        400        410        420 
FESKVGNKYL NEAAGVAAEE ARNYKEKKKL KGQENSLCWT ALDKNEGEMI TSKDNLEDET 
       430        440        450        460        470        480 
EDDDLFETEF RQYKRTYYMT KMGVDVVSDD FLADQAACYV QAIQWILHYY YHGVQSWSWY 
       490        500        510        520        530        540 
YPYHYAPFLS DIHNISTLKI HFELGKPFKP FEQLLAVLPA ASKNLLPACY QHLMTNEDSP 
       550        560        570        580        590        600 
IIEYYPPDFK TDLNGKQQEW EAVVLIPFID EKRLLEAMET CNHSLKKEER KRNQHSECLM 
       610        620        630        640        650        660 
CWYDRDTEFI YPSPWPEKFP AIERCCTRYK IISLDAWRVD INKNKITRID QKALYFCGFP 
       670        680        690        700        710        720 
TLKHIRHKFF LKKSGVQVFQ QSSRGENMML EILVDAESDE LTVENVASSV LGKSVFVNWP 
       730        740        750        760        770        780 
HLEEARVVAV SDGETKFYLE EPPGTQKLYS GRTAPPSKVV HLGDKEQSNW AKEVQGISEH 
       790        800        810        820        830        840 
YLRRKGIIIN ETSAVVYAQL LTGRKYQINQ NGEVRLEKQW SKQVVPFVYQ TIVKDIRAFD 
       850        860        870        880        890        900 
SRFSNIKTLD DLFPLRSMVF MLGTPYYGCT GEVQDSGDVI TEGRIRVIFS IPCEPNLDAL 
       910        920        930        940        950        960 
IQNQHKYSIK YNPGYVLASR LGVSGYLVSR FTGSIFIGRG SRRNPHGDHK ANVGLNLKFN 
       970        980        990       1000       1010       1020 
KKNEEVPGYT KKVGSEWMYS SAAEQLLAEY LERAPELFSY IAKNSQEDVF YEDDIWPGEN 
      1030       1040       1050       1060       1070       1080 
ENGAEKVQEI ITWLKGHPVS TLSRSSCDLQ ILDAAIVEKI EEEVEKCKQR KNNKKVRVTV 
      1090       1100       1110       1120       1130       1140 
KPHLLYRPLE QQHGVIPDRD AEFCLFDRVV NVRENFSVPV GLRGTIIGIK GANREADVLF 
      1150       1160       1170       1180       1190       1200 
EVLFDEEFPG GLTIRCSPGR GYRLPTSALV NLSHGSRSET GNQKLTAIVK PQPAVHQHSS 
      1210       1220       1230       1240       1250       1260 
SSSVSSGHLG ALNHSPQSLF VPTQVPTKDD DEFCNIWQSL QGSGKMQYFQ PTIQEKGAVL 
      1270       1280       1290       1300       1310       1320 
PQEISQVNQH HKSGFNDNSV KYQQRKHDPH RKFKEECKSP KAECWSQKMS NKQPNSGIEN 
      1330       1340       1350       1360       1370       1380 
FLASLNISKE NEVQSSHHGE PPSEEHLSPQ SFAMGTRMLK EILKIDGSNT VDHKNEIKQI 
      1390       1400       1410       1420       1430       1440 
ANEIPVSSNR RDEYGLPSQP KQNKKLASYM NKPHSANEYH NVQSMDNMCW PAPSQIPPVS 
      1450       1460       1470       1480       1490       1500 
TPVTELSRIC SLVGMPQPDF SFLRMPQTMT VCQVKLSNGL LVHGPQCHSE NEAKEKAALF 
      1510       1520       1530       1540       1550       1560 
ALQQLGSLGM NFPLPSQVFA NYPSAVPPGT IPPAFPPPTG WDHYGSNYAL GAANIMPSSS 
      1570       1580       1590       1600       1610       1620 
HLFGSMPWGP SVPVPGKPFH HTLYSGTMPM AGGIPGGVHN QFIPLQVTKK RVANKKNFEN 
      1630       1640       1650       1660       1670       1680 
KEAQSSQATP VQTSQPDSSN IVKVSPRESS SASLKSSPIA QPASSFQVET ASQGHSISHH 
      1690       1700    
KSTPISSSRR KSRKLAVNFG VSKPSE



Filter Information:


(REFRESH)

Directness:


Physiological Relevance:


Evidence Codes:


Methodology:


Perturbation of System:


Biological System:


Protease Assignment Confidence:


Evidence Names:


Database:


Lab:



Protein Neighborhood

Domains & Features

2 N-termini - 1 C-termini - 0 Cleavages - 0 Substrates

N-termini

C-termini

    Name Sequence Position Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)
    ...SKPSE 1706 inferred from electronic annotation electronic annotation UniProtKB inferred from uniprot
    ...SKPSE 1706 inferred from isoform by sequence similarity unknown TopFIND inferred from TCt90366

Cleavages

    Protease Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)

Substrates

    Substrate Position Sequence Evidence type Method Source (database) Source (Lab) Evidence name Publications (PMIDs)